（一）体例与分期问题：在编撰《简编》这部巨大著作的酝酿过程中，考虑讨论了该书的分期问题，最后确定为四巨册，即古代医学分卷（远古～1840）、近代医学分卷（1840～1949）、现代医学分卷（1949～1995）与医史图谱卷。为首先给人以清晰的时间概念，并能体现医学发展的规律，古代卷分中国原始人类的医药卫生活动等10章，在编述上以时系事，联系医家、医著、学术、体现了纵不断线，从古通今的连贯性特点。在每章中，又吸取了志书体例，先概述、医事制度、律令、医学教育；次医，药卫生等学术；再医药交流，医家传记、医籍评介；其它较独特的专节一般放在最后。

医学史分期，是否切合历史实际，是测量一部医学史学术水平的重要依据之一。因为，切合中国医学发展历史实际的分期法，不但在宏观上给人一目了然、纲举目张的效果，而且透过分期的微观上还能得出医学发展在各个时期的实质内函，《简编》总结多年的理论研究和多部专著分期的实践，使我们认识到在科学的分期上应注意以下三个不同层次的要求，这就是首先必须充分反映出医学在各个不同时期的不同实质和特点；其次，要考虑到中国科学技术史和史特点的相对一致性；再次，是在前二者的基础上，注意社会政治、经济发展的相关性等。这个层次是不能倒置的。由于中国医学史是一个网络状的结构，这种纵横交织、纲举目张的史书体例，能比较全面系统地容纳中国医学史的基本内容，虽在形式上比较固定少有变动，但每章节的内容则各不相同，然而却能从中看出上下的衔接与发展变化。

（二）关于医学起源问题。中外医史界、科技史界历来对此意见分歧、见仁见智，往往使人莫衷一是，无论是巫源说、动物本能说、圣贤创医说等等。均不无道理，但又各有偏颇，通过综合分析，本书在编写中主张以实践为主体的多源综合说，其间有一个内在的逻辑发展过程，人类医疗活动的历史比巫出现要早，所以单纯强调医源于巫的观点是站不住脚的。动物越高级，其本能越减退，所以以动物本能为医的唯一源泉是难以成立的。圣贤创医说则是复古思潮的产物。所以说医学起源问题绝非某一单纯观点所能圆满解释清楚的。

（三）中国古代医药学的形态结构。中国古代医学是传统医学的发展范式，是把人放在天地与社会心理中去考察，具有宏观整体性，是个多源一体化的结构。在中华形成的过程中，集中了各民族各地区的医疗学术经验在内。

而居住在中原一带的医家在总结各地各族医药经验时“杂合以治，各得其所宜，故治所以异而皆愈者，得病之情，知病之大体也。”因而，当中国古代医学体系形成和发展过程中，包括在内，在以后的历程中，以汉医为主体的传统医学不断地吸收各少数的新鲜经验，另一方面各少数民族又逐渐结合本地区本民族的医药经验，形成了各具特色的民族医学，这是中国古代医史上汉医与少数民族医，其共性与个性、整体和部分的统一。