选择研究课题是研究工作能否成功的一个重要方面，一般可在上述研究范围内，参考研究任务和目的性，经过对客观需要的调查、研究现状的摸索、取得成功可能性的了解，可以初步确定研究课题。初步课题意向是单一的，也可能同时获得多个课题；初步课题既可能是小的，也可能是一个内容广泛的大课题；初步课题可能是很专门的，也可能是一个包罗很多的复杂课题等等。此刻，如果研究者可以给予分析、鉴别，确定其最佳选择，那么就可根据需要和可能等，将研究题目定下来。不然，研究者在这些初步形成的课题面前感到有些无所适从，或下不了决心，那就可向有关专家、前辈、同事或朋友等请求指导，共同分析这些初步设想的利弊，可能性之大小，资料之多少，调查之难易，研究者的兴趣和知识基础，特别是社会效益、学术价值等，在比较中逐步确定其最佳的选题。

研究课题选定后，研究工作能否取得预期效果，大量收集和掌握有关史料就成为关键所在。一个极好的选题，没有足够史料收集的支持，就不可能形成有说服力的结论，甚至造成研究工作的失败。医学史料之收集主要可分为两大类：即直接史料与间接史料。直接史料，或可称为第一手史料、原始资料。如就医学之研究，其档案材料、自传、书信、著作手稿、论著、笔记、遗物、墓志铭等；直接史料还有一个重要来源，这就是考古发掘之所得。一般而论，由地下发掘或由石室、古建中所获者，均有较高的直接史料价值。间接史料，或称为第二手史料，非直接史料一般均属此类。如就医史研究而言，非本人撰写的有关传记、回忆录，或经重编的著作、文艺作品、美术雕刻、评述、论文等，或属第三次转引、编录者，故其学术价值和参考意义便有所降低。不过，也有不尽然者。

史料犹如炊米、原料，医史学研究如果没有史料，那就是无米之炊，没有原料的工厂，这个道理很清楚，无需多费笔墨。如何收集好史料，的确存在着方法和技巧问题。如果对所选课题的基本情况已有初步了解。便从直接史料之收集入手，再及于间接史料；相反，亦可由近及远，即由间接之二手、三手资料入手、理出线索，再循序收集更有价值的直接史料。其方法大约有：查阅文献、实地调查、考古发掘、征集等。

要善于鉴别医学史料的真伪。如上认真的收集和证购，有可能获得大量有关史料，这就为课题研究创造了良好的条件和雄厚的基础，然而为了确定其真正价值，还要进行科学的鉴别。

民族医药中的精湛技艺和特效方药倍受重视。

医学考古学。这是考古学的一个分支。医史研究与考古学和人类学等交叉研究将要诞生一个新学科，属于科技考古学的范围。在中国，考古学主要是对元代以前的有关人本身的遗骸，和使用的工具进行研究。这许多考古资料，可以补证史书的缺漏和不足，是医学史研究中不可少的。医学考古学与医学史虽有研究的对象和方法不同，但却有着殊途同归、异曲同功之效。与医学考古学直接相连的是中国医史博物馆及其学科。远古以来，在中国的地上地下保存了大量的医药遗址、器物等。有的作为名胜古迹被保留下来，有的则被损毁，有的保存在古董商和博物学家手中，有的则被方志、野史笔记、金石学、文献学所收录。近代博物馆中常有关于医药卫生的陈列内容和学术研究成果。