王清任自幼习武，是武庠生。青年时曾考取武秀才，系武科举出身。后捐资得千总衔（下级军官）。由于他性情磊落，耿直不违，在任职千总期间，目睹和经历了晚清官场的腐败，特别是为他自己空有一身武艺，到头来还得花钱纳粟买个小官做而烦恼，逐渐形成了“不为良相、愿为良医”的愿望，改习岐黄，以医为业了。据说，当年的玉田县知县，要把鸦鸿桥收为“官桥官渡”，老百姓过桥渡船都要收费。王清任为了维护当地百姓利益，毅然为民请愿，坚决反对收费，结果得罪了县太爷。县官怀恨在心，曾唆使经王清任治过病而没治好或死亡患者的家属去县衙告状，企图陷害王清任，迫使王清任只好远离故乡，在外地及北京行医。并在后来于北京开设药铺“知一堂”，渐渐“名噪京师”，终成一代名医。

王清任在二十岁时已精通古代医籍，对古书中有关脏腑的记载产生怀疑，在行医的过程中深感解剖知识的重要，“业医诊病，当先明脏腑，”否则“本源一错，万虑皆失。”他在研究了古代的一些脏腑书籍和图形后，发现里面存在着不少矛盾，于是感慨地说：“著书不明脏腑，岂不是痴人说梦，治病不明脏腑，何异于盲子夜行！”从此，开始了对人体结构的观察研究。

王清任30岁时，正是河北滦州稻地镇行医，时值瘟疫大流行，小儿尸裹甚多，王清任路过墓地，见到被狗拖咬的尸体内脏外露，他不嫌臭秽，每天清晨都去观看小儿尸体，连续10天观察了30多具，发现与古书所描绘的脏腑图形有不符之处。此后他在奉天和北京三次去刑场偷偷观察刑尸及其内脏，以了解人脏腑结构。

有时，王清任没有尸体供解剖研究，就解剖家畜，他也是我国解剖史上第一个做动物解剖实验的医学家，为医学研究提供了新的方法。

1830年，王清任将42年间实地所见绘制成《亲见改正脏腑图》，连同他的临床心得及其它有关的医学论述，著成《医林改错》。该书刻版刊行于世的第二年，王清任逝世于北京友人家中。

《医林改错》一书3万余言，有图谱25幅，自创新方31个，化裁古人妇产方剂2个。全书共分上、下两卷。