年轻淳于意时喜钻研医术，拜公孙光为师，学习古典医籍和治病经验。公孙光又将仓公推荐给临淄的公乘阳庆。当时公乘阳庆已年过六十，收下淳于意为徒，将自己珍藏的、扁鹊脉书、根据五色诊断疾病、判断病人预后的方法、以及药物方剂等书传给他。三年后仓公出师四处行医，足迹遍及山东，曾为齐国的侍御史、齐王的孙子、齐国的中御府长、郎中令、中尉、中大夫、齐王的侍医遂等诊治过疾病。

齐文王（公元前178～前167年在位）患肥胖病，气喘、头痛、目不明、懒于行动。淳于意听说后，认为文王形气俱实，应当调节饮食，运动筋骨肌肉，开阔情怀，疏通血脉，以泻有余。可是有一庸医施以灸法，使文王病情加重致死。于是王公贵族诬滔仓公“不为人治病，病家多怨之者。”加之同时赵王、胶西王、济南王请仓公为其治病而未至。官府听信诬告，把淳于意传到长安受刑。淳于意生有五女，当皇帝诏书进京问罪时，他感伤无男随行。于是小女儿坚持随父进京、并上书朝廷，申述父亲无罪，并愿意为奴以换取父亲的自由。经汉文帝诏问，遂使淳于意被赦免而回故里。淳于意在应诏回答汉文帝询问时叙述了自己学医、行医的经过，业务专长、师承、诊疗效果、病例等，史称：“诊籍”（即诊病的簿记）共计25个病案。他所答诏的病案格式一般均涉及病人的姓名、年龄、性别、职业、籍里、病状、病名，诊断、病因、治疗、疗效、预后等，从中反映了淳于意的医疗学术思想与医案记录上的创造性贡献。

淳于意象秦越人一样，并没有把医学经验的传授限定在神秘而狭小的范围内，而是广泛传授医术，他因才施教，培养宋邑、高期、王禹、冯信、杜信、唐安以及齐丞相府的宦者平等人，是秦汉时期文献记载中带徒最多的一位医家。