乾隆癸卯〔1783〕秋,赴京师,参与抄写检校《四库全书》,得读吴又可《温疫论》,顿开茅塞。癸丑岁 (1793),京师流行温疫,友人强起之治,但所见大抵皆已因误治而成坏病者,吴瑭治之,尚存活数十人,而死于世俗凡医之手不可胜数。吴瑭因而著成《温病 条辨》,前后化了六年时间,提出“三焦辨证”理论,故为温病学派之圭臬。
此后吴氏以医为业,孜孜汲汲四十余年,屡起沉症。晚年著《医医病书》(1831) 二卷,针砭时医弊端,阐论医德,亦为世人所重。其医案得后人汇辑整理成《吴鞠通先生医案》(一名《吴氏医案》)五卷(一作四卷),亦医家喜读之书。
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