钱乙在长期的临床实践中他在广泛搜集小儿疾病的秘方、验方的基础上，结合自己的临床经验，摸索出一套以五脏病理学为纲的儿科辨证施治法。常谓小儿的生理特点是“脏腑柔弱”，“生骨气乃全而未壮”，病理特征是“易虚易实、易寒易热”。在诊断方面，创导从面部和眼部诊察小儿五脏疾病的诊法。

处方用药，力戒妄攻、误下或峻补，主以柔润、调理和扶正为本。且善于化裁古方，如治痘疹初起的升麻葛根汤；治小儿心热的导赤散；冶脾胃虚弱的异功散；治肝肾阴虚的六味地黄丸等，迄今为临床的常用处方。不少方剂“所治种种皆通，非为小儿医也”。足见其医学造诣，远远超越了儿科领域。

钱乙曾为宋神宗的儿子及公主之女治病，应手而效，被提为太医丞。但因无意功名，不久即辞官回乡，悬壶济世。其著述有《伤寒论指微》、《婴孩论》若干部，惜已散失。

现存《小儿药证直诀》，系在晚年由其门人阎孝忠收集整理他的论述和经验而成。钱乙逝世后第三年方刊印，全书三卷，上卷言证，中卷记治验，下卷载方。其对小儿黄疸、麻疹、喉痧(猩红热)、天花等的论述。在医学史上对儿科学的发展有深远的影响。